Mimo klasické školy se vzdělávají žáci v České republice také ve školách alternativních. Je jich celá škála od mateřských škol až včetně škol středních. Od klasických škol se odlišují především v přístupech učitele k žákům a metodách a formách výuky. Základem vzdělávání je zde práce se žákem jako partnerem, jednotlivcem, což znamená respektování a individuální přístup k potřebám každého žáka. Důležitým aspektem je i výchova morálně volních vlastností jako je zodpovědnost, komunikativnost, snaha a touha poznávat vlastním hledáním a úsilím. Nejvíce jsou v Česku rozšířené školy Montessori, Daltonské a Waldorsfsé školy, výjimečně Jenský plán, Freintovská škola, Začít spolu, hojně Zdravé školy, Lesní školky. Vyučující, kteří se vracejí po delších zkušenostech ze zahraničí, zakládají i další alternativní školy, jsou to však ojedinělé případy. Jsou to převážně školy bez učebnic, výkon se nehodnotí známkou.